近年来，总磷已经成为长江流域首要污染物。十三五”时期，长江流域虽然开展了一系列总磷污染控制工作，但“三磷”（磷矿、磷化工企业、磷石膏库）污染问题尚未根本上解决。
总磷为什么成长江流域首要污染物？
为何总磷是制约长江流域水质改善的首要污染物？根据生态环境部长江生态环境保护修复联合研究（第一期）项目研究结果，“十三五”时期，长江流域水环境质量总体趋好，但从其国控断面水质定类因子占比情况来看，以总磷作为水质定类因子的断面比例达51%左右，高于cod和氨氮等其他污染物。长江流域大多数断面均是因为总磷超标而导致断面超标，它是以氨氮、cod作为定类因子的断面的2倍—3倍左右。所以，总磷成为长江流域的首要管控污染物。
2016年国控断面数据显示，长江流域总磷、cod和氨氮等超标比例分别为18.3%、10.3%和6.6%。而据生态环境部2022年8月例行新闻发布会通报，目前，总磷为长江流域断面首要超标（超过ⅲ类水）因子比例达57.3%。“十三五”初期，长江流域总磷浓度分布总体上呈上、下游较高，中游略低的特征。
从总磷污染空间分布看，上游各断面总磷浓度在0.001—4.680mg/l之间，中游总磷浓度在0.003—1.680mg/l之间，下游总磷浓度在0.004—2.450mg/l之间；而从国控断面来看，长江流域总磷污染最为严重的30个断面中，上游占21个。
长江流域总磷污染的成因是什么？
一般来说，在自然环境中，cod与氨氮污染物较容易通过生物作用去除。但总磷仅靠生物作用去除的能力较低，因而在很多水体，尤其湖泊中高浓度的磷污染物很容易导致藻类滋生，如滇池和太湖等。那长江流域总磷污染又来源于什么呢？
总磷污染成因多样，每个地方都具有显著差异。就长江流域概况来说，总磷污染主要来自于面源污染、‘三磷’等工业企业排放、污水处理设施排放与水土流失等。根据第二次全国污染源普查结果，长江流域‘三磷’等工业企业排放是加剧磷污染的重要原因；但就整个流域而言，面源污染也是总磷污染的重要来源，其总磷排放量大概占流域总排放量的60%左右。
长江流域60%左右的磷排放来自面源，却并不意味着这些总磷污染均来自于农田，也有可能来自于工业生产过程中的非组织排放等。例如，降雨会将工业排放的含磷烟尘冲入河流等，但这部分磷污染贡献尚缺乏系统研究。每年6—9月汛期是总磷污染物进入长江流域河湖的主要时期。在长江中下游的很多湖泊，下雨之后，雨水混杂着各种污染物流入长江，其总磷浓度反而更高。
长江上、中、下游总磷污染来源并不一样。以乌江总磷超标为例，贵州省是我国磷化工基地，磷矿储量位居全国第三位，乌江沿岸磷石膏（磷矿渣）累积堆存量达到1.2亿吨。受喀斯特地貌及过去堆场建设标准限制，部分磷渣污水易渗入地下溶洞或通过地表水进入乌江，虽然地方政府投入大量资金开展堆场系统化整治，但是往往很难短期见效。
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